مظفر الدين ميرزا بر تخت سلطنت جلوس كرد ، ظل السلطان همواره منتظر فرصت مناسب بود كه بر اريكه سلطنت جلوس كند و شايد ناصر الدين شاه تا اندازه‌اى به نيات او واقف بود و براى جلوگيرى از اقدامات احتمالى او بود كه قلمرو حكومتش را محدود به اصفهان كرد و موجبات تفرقهء ارتش منظم و مجهز و نيرومند او را فراهم ساخت . با همه علاقه‌اى كه ظل السلطان به احراز مقام سلطنت داشت ، مع هذا موقعى كه مظفر الدين ميرزا پادشاه شد ، قبل از همه‌كس ظل السلطان به او تبريك گفت و استدعا كرد كه من بعد او را برادر شاه خطاب نكنند ، بلكه او را غلام و نوكر اعلىحضرت مظفر الدين شاه بخوانند و خلاصه تبريك او به قدرى خاضعانه بود كه درباريان دچار شگفتى شدند و حتى براى خود مظفر الدين شاه نيز كه همواره بيمى از برادر جسور و زورمند خود داشت ، اين همه تواضع و فروتنى غيره منتظره و بلكه اعجاب‌انگيز بود زيرا كسى كه بر قبضه شمشير خود نوشته بود " مظفركش " اينك از همان مظفر الدين ميرزا استدعا مىكند كه او را غلامى از غلامان و چاكرى از چاكران خويش محسوب دارد و مىنويسد : " من خيال نمىكنم پدرم فوت كرده ، بلكه خيال مىكنم فقط نام او عوض شده و از ناصر الدين به مظفر الدين تغيير يافته است . " مظفر الدين شاه كه واقعا پادشاهى نيك نفس و بىآزارى بود در قبال اين افتادگى و تواضع ظل السلطان را در شغل سابقش ابقا كرد و چون از شاه خواهش كرده بود كه در صورتىكه معزولش نمىكند ، فرمان حكومت او را با خلعتى برايش بفرستد ، لذا شاه اين تقاضاى او را هم قرين انجاح داشت و او را خوشدل گردانيد . غير از رقابتى كه مظفر الدين ميرزا و ظل السلطان راجع به ولايتعهدى داشتند ، هردو ايام جوانى و قبل از ازدواج در مورد نامزدهاى خود هم با همديگر اختلاف داشتند .

--> معهود ولايتعهدى محمد على ميرزا اعتضاد السلطنه پسر بزرگ مظفر الدين شاه كه مادرش دختر ميرزا تقى خان اميركبير بوده ، نيز بر خلاف بوده مگر به اين جهت مستمسك شويم كه چون مادر محمد على ميرزا از بطن عزت الدوله خواهر تنى ناصر الدين شاه بوده اين مهم كفايت شده است و مادر محمد على ميرزا شاهزاده محسوب مىشود و از ايل قاجاريه است و به عبارت آخرى چون شرافت نسبت مادر محمد على ميرزا از جانب مادر خانواده پدر را به كلى تحت الشعاع قرار مىدهد ، لذا ديگر احتياج به قاجارى بودن پدرش نبوده [ است ] . علاوه‌براين دليل ميرزا على اصغر خان اتابك كه سبب صدور فرمان ولايتعهدى محمد على ميرزا بود و در اين كار بىنهايت تلاش و جديت كرد غير از دليلى كه به استحضار رسيد ، دليل ديگرى هم اقامه كرد و با اين دو دليل مخالفين ولايتعهدى محمد على ميرزا را مجاب و شاه را تسليم نظر خود ساخت . دليل دوم ميرزا على اصغر خان اين بود كه مىگفت همان‌طور كه فاطمه زهرا عليها سلام سيادت پدرش پيامبر اكرم را به اولاد خود منتقل ساخته و به عبارت واضح‌تر اولاد حضرت فاطمه فرزندان پيامبر اسلام محسوب مىشوند ، لذا مادر محمد على ميرزا هم گرچه از صلب ميرزا تقى خان بوده‌اند ، ولى در واقع شاهزاده به شمار مىروند .